Lors du dernier semestre de 1994, l'optimisme grisant qui a accompagné ce processus de transition dramatique avait légèrement diminué alors que le gouvernement démocratique nouvellement élu se trouvait confronté à de nombreux obstacles économiques et politiques. S'ajoutait à ces ennuis le relativement mineur mais néanmoins embarrassant problème politique du refus de Ratsiraka d'évacuer le Palais du Président. Le régime de Zafy s'est retrouvé sous la croissante pression économique du FMI et des donateurs étrangers pour mettre en application des réformes du marché, comme la coupe des déficits budgétaires et une énorme fonction publique, qui font peu pour répondre aux problèmes économiques qui se posent à la majorité de la population de Madagascar. Zafy est également confronté à des divisions croissantes au sein de sa coalition gouvernante, comme des groupes d'opposition généralement désignés comme ''fédéralistes'' qui tentent d'obtenir un plus large pouvoir pour les provinces (connues sous le nom de "faritany") dans un gouvernement plus décentralisé
Bien que récemment stimulé par le désir des forces anti-Zafy de gagner un plus grand contrôle des affaires locales, Madagascar a, tout au long de son histoire, été témoin d'une tension entre la domination par les montagnards centraux et les pressions des résidants des secteurs périphériques pour contrôler leurs propres affaires. En bref, le régime de Zafy fait face au dilemme entre l'emploi de structures politiques relativement peu expérimentées et les "règles du jeu" pour résoudre de nombreux problèmes de gouvernement.
Un foyer d'instabilité politique s'installe : 6 gouvernements, trois premiers ministres en 4 ans.
Le professeur est dépassé, il est destitué par un vote de l'Assemblée Nationale en août 1996. Le pouvoir était désormais assuré par une courte quasi-présidence de Norbert Ratsirahonana.
les éléctions anticipé de 1996
les élections de 1996 ont opposé de nouveau Zafy et Ratsiraka (Un exil à Paris avait préparé son retour), avec Ratsiraka émergeant cette fois victorieux. L'Assemblée Nationale dominée par des membres du parti politique AREMA du Président Ratsiraka a plus tard approuvé la constitution de 1998, qui a considérablement renforcé la présidence.
La politique malgache est livrée à des ambitions personnelles.

