Cette vérification précoce des conceptions impériales françaises a coïncidé avec la diffusion de la piraterie dans l'Océan indien. En l'absence d'une puissance navale significative dans les eaux éloignées de l'Europe, des navires privés ont attaqué des bateaux de plusieurs nations pendant presque quarante années. Les terrains de chasse préférés étaient dans les régions du nord de la mer d'Arabie et de la mer Rouge, mais Madagascar était une cachette populaire où les équipages pouvaient récupérer et compléter le niveau des approvisionnements pour une autre attaque. A cette époque, l'institution de l'esclavage avait également été implantée sur l'île. Madagascar est devenu une source d'esclaves, non seulement pour les îles voisines de Maurice et Rodrigue, mais également pour des points plus éloignés, y compris l'hémisphère occidental.
La structure sociale et politique de Madagascar a facilité le commerce des esclaves. Au sein de plusieurs petits royaumes côtiers, des sociétés stratifiées en nobles, roturiers, et esclaves ont donné l'allégeance à un(e) seul(e) roi ou reine. Par exemple, le groupe ethnique des Sakalava a dominé les parties occidentales et septentrionales de Madagascar dans deux royaumes séparés. Le Menabe, sur les prairies occidentales stériles, a eu pour première capitale Toliara ; le Boina, dans le Nord-Ouest, a inclus le port de Mahajanga. Les villes sont devenues des centres du commerce où bétail et esclaves, pris lors de guerres, ont été échangés avec les négociants européens contre des pistolets et d'autres produits manufacturés. Ces domaines politiques ont été complétés par le royaume de Betsimisaraka le long de la côte Est, et les royaumes côtiers méridionaux dominés par les groupes ethniques Mahafaly et Antandroy.
Le plus puissant des royaumes de Madagascar -- celui qui a par la suite établi son hégémonie au-dessus d'une grande partie de l'île -- était celui développé par le groupe ethnique des Merina. Avant que les Merina aient émergé comme puissance politique dominante sur l'île au dix-neuvième siècle, ont alterné des périodes de d'unité politique et des périodes où le royaume était séparé en de plus petites unités politiques. La localisation des Merina dans les montagnes centrales leur a offert un moyen de protection contre les ravages de la guerre qui se sont produits parmi les royaumes côtiers. La distinction, reconnue aux niveaux local et international, entre les montagnards centraux (les Merina) et les côtiers (habitants des secteurs côtiers) exercerait bientôt un impact important sur le système politique de Madagascar (voir Population et appartenance ethnique, dans ce chap.). Organisés comme les royaumes côtiers dans une hiérarchie entre nobles, roturiers, et esclaves, les Merina ont développé une institution politique unique connue sous le nom de fokonolona (conseil de village). A travers le fokonolona, les aînés de village (Domination traditionnelle - Max Weber-) et d'autres notables locaux pouvaient décréter des règlements et exercer une mesure de contrôle local sur des sujets tels que les travaux publics et la sécurité.